"I skuggan" utgår från ett citat av Paul Valéry: "Två faror hotar mänskligheten, ordning och oordning". Filmen börjar på ett litet antikvariat i Uppsala bakom domkyrkan, bakom det berömda biblioteket. Antikvariatet är ett tämligen tyst ställe, en plats för reflektion.
Det är inget arkiv, inget museum, inget samlingsställe, bara ett genomfartsställe. Allt som kommer in skall ut och vidare. Det är ett ställe där ordning och oordning är ofrånkomliga, där blick och tanke lätt möter ting av olika dignitet: prylar, kaffekannor, puderdosor, växter, texter, vetenskapliga avhandlingar, kiosklitteratur, romaner, brevväxlingar, glömda brev, gömda brev, från en berömd avsändare eller inte, Texter som består av ord, satser och hela fraser. Fraser som kan låta som tankar.
Det här antikvariatet finns i verkligheten, men i filmen kan allt vidgas till att bli som en sanndröm och ett enda antikvariat kan bli alla världens antikvariat.